本故事围绕跨国犯罪组织“黑衣组织”的覆灭展开，勾勒出一场跨越数年、波及全球的正邪对决。黑衣组织在二号人物朗姆的主导下，清除内部异己琴酒后，组建顶尖生化武器团队，秘密研发致命病毒“混沌之毒”，妄图以生化危机掌控世界，其南极秘密基地与北海道钏路终极据点成为威胁全球安全的核心。 为粉碎这一阴谋，警视厅联合FBI、日本公安、国际刑警组建联合行动小组。坂东正也警视监统筹全局，宫野真侦探凭借敏锐洞察锁定组织据点与布防细节，交通队坂口惠子警部补以地域熟悉度与精湛车技为行动开路；毛利小五郎梳理外围黑恶势力勾结线索，林清云、妃英理律师团队搭建完整法律证据链，提供国际司法支持；柯南与灰原哀则以技术破解与病毒研究助力攻坚。 行动中，众人兵分多路，潜入通风管道直击核心、正面攻坚牵制主力、海上封锁切断退路，层层推进下，不仅摧毁了“混沌之毒”储备，更成功抓获组织幕后资助者“夜枭”查尔斯·格雷及所有残余成员。这场胜利凝聚了警方、侦探、律师等多方力量，以勇气、智慧与坚守驱散黑暗，终结了黑衣组织的恐怖统治，让正义与光明重回人间，为这场跨越数年的正邪较量画上圆满句号。
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